Vào thời hạn chót 1 tháng 7,[15] chính phủ Israel để xuất đàm phán với những kẻ không tặc nhằm kéo dài thời hạn chót tới ngày 4 tháng 7. Amin yêu cầu chúng kéo dài thời gian tới mùng 4 tháng 7. Điều này có nghĩa ông có thể thực hiện một chuyến đi ngoại giao tới Port Louis, Mauritius, nhằm chính thức chuyển giao chức chủ tịch Tổ chức Thống nhất châu Phi cho Seewoosagur Ramgoolam.[16] Việc kéo dài thời hạn chót này có tầm quan trọng cực lớn giúp các lực lượng Israel có đủ thời gian để tới Entebbe.[10] Ngày 3 tháng 7, Nội các Israel thông qua phi vụ giải cứu,[17] dưới sự chỉ huy của Thiếu tướng Yekutiel "Kuti" Adam cùng Matan Vilnai là Phó chỉ huy.[18] Thiếu tướng Dan Shomron được chỉ định chỉ huy chiến dịch trên mặt đất.[19] Sau nhiều ngày thu thập thông tin tình báo và lên kế hoạch bởi vị phó của Netanyahu là Moshe "Muki" Betser, bốn chiếc máy bay vận tải C-130 Hercules của Không quân Israel bí mật bay tới Sân bay Entebbe, trong bóng tối, mà không cần sự trợ giúp của đài không lưu mặt đất Entebbe.[14]

Họ bay qua Sharm al-Sheikh, và xuống đường bay quốc tế qua Biển Đỏ, bay ở độ cao không hơn 30 m (100 feet) để tránh bị radar của Ai Cập, Sudan, và Ả Rập Xê Út phát hiện. Ở gần cửa sông phía nam của Biển Đỏ những chiếc C-130 quay về phía nam và bay qua miền nam Djibouti. Từ đó họ tới một điểm phía đông bắc Nairobi, dường như thuộc Kenya qua Somalia và vùng Ogaden của Ethiopia. Sau đó họ bay về phía nam qua Thung lũng Đường nứt châu Phi và qua Hồ Victoria.[20] Hai chiếc phản lực Boeing 707 bay theo họ. Chiếc thứ nhất mang theo các đồ y tế và hạ cánh tại Sân bay Quốc tế Jomo Kenyatta ở Nairobi, Kenya. Người chỉ huy chiến dịch, Thiếu tướng Yekutiel Adam, ở trên chiếc Boeing thứ hai bay trên Sân bay Entebbe trong thời gian chiến dịch.[19]

Lực lượng mặt đất của Israel có số lượng xấp xỉ 100 người, và gồm các thành phần sau:[19]

• Đội Chỉ huy và Điều khiển Mặt đất

Nhóm nhỏ này gồm người chỉ huy chung, Thiếu tướng Shomron, và các nhân viên liên lạc và hỗ trợ.

• Đội tấn công

Một đơn vị tấn công 29 người dưới sự chỉ huy của Trung tá Netanyahu, lực lượng này gồm toàn các lính commando thuộc Sayeret Matkal, và có nhiệm vụ hàng đầu là tấn công vào nhà ga cũ và giải cứu các con tin. Thiếu tá Betser chỉ huy một đội các nhóm tấn công, Matan Vilnai chỉ huy nhóm kia.

• Đội tăng cường

1. Bảo vệ khu vực, và ngăn chặn bất kỳ một lực lượng mặt đất thù địch nào can thiệp vào những chiếc C-130 Hercules và cuộc giải cứu.
2. Phá huỷ phi đội máy bay phản lực chiến đấu MiG trên mặt đất, để ngăn chặn bất kỳ sự can thiệp nào của Không quân Uganda.
3. Bảo vệ và hỗ trợ việc đưa con tin lên các máy bay vận tải.
4. Hỗ trợ việc tái nạp nhiên liệu cho những chiếc máy bay vận tải.